Imhotep nacque ad Ankhtue, sobborgo di Menfi, il 16º giorno di Epifi (31 maggio) intorno al 2800 a.C. Il suo nome significa "colui che viene in pace". Sua madre, Keredu-Ankh, era originaria di Mendes e suo padre, Kanofer, era un architetto. In Egitto tramandare il mestiere di padre in figlio era cosa abituale, fu proprio seguendo le orme del padre che Imhotep divenne architetto.
Sotto il regno di Djoser, Imhotep ricoprì la carica di gran visir di Eliopolis, si occupava dell'amministrazione fiscale, giudiziaria ed edilizia oltre che sostituire il faraone in sua assenza. Divenuto famoso per aver progettato e costruito la piramide a gradoni di Djoser a Saqqara, fu il primo ad utilizzare la pietra per costruire edifici. All'interno di una delle gallerie della piramide è stato rinvenuto un sigillo con suscritto "il carpentiere di Nekhen", titolo, con il quale, veniva identificato Imhotep.

Il suo nome è legato anche ad altre strepitose capacità come la riorganizzazione del calendario. Imhotep, che fu divinizzato nella XVIII dinastia, era anche un uomo dalle grandi conoscenze in fatto di medicina. E' Manetone il primo a ricordarlo come medico al tempo di Djoser. Sembra che avesse anche scritto alcuni libri e delle poesie. Gli vengono accreditati molti titoli: sacerdote-lettore capo o ritualista, saggio, scriba, astrologo e mago. Una leggenda racconta che Imhotep, grazie al titolo di visir, pose fine a 7 anni di carestia. Un aneddoto racconta che, per guarire sua moglie Apopi da una malattia agli occhi, sperimentò con successo una cura antibatteriologica. Apopi, soffriva di una forma di congiuntivite molto diffusa in Egitto a causa al clima molto asciutto, e particolarmente pericolosa per la vista. "La malattia è provocata da vermi piccoli che non si vedono" questo capì Imhotep con grande intuito e deduzione. Dopo vari tentativi realizzò una pasta verdastra composta di alcune particolari sostanze che, spalmata sugli occhi, guarì completamente la moglie. Imhotep aveva cominciato ad intraprendere una strada che solo 40 secoli più tardi, con l'aiuto del microscopio, avrebbe portato alla scoperta della batteriologia.
Alcuni ritrovamenti di utensili medici dimostrano come già al suo tempo i malati venissero operati chirurgicamente. Sembra persino che Imhotep operò con successo alcuni casi di tumore.

Si può affermare con buona certezza che Imhotep visse fino al regno di Huni, cioè fino al termine della III dinastia. La sua tomba dovrebbe trovarsi nei dintorni dell'Asklepleion, una cappella che si trova a Saqqara o a Menfi, all'interno di una necropoli denominata Ankh-tawi, dove sorge un santuario a lui dedicato.

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